Không phải hành trình nào cũng chỉ toàn ánh sáng. Lịch sử Hội dòng Thánh Phaolô thành Chartres cũng bước vào những ngày đen tối: chiến tranh, bách hại, và những thử thách tưởng như không thể vượt qua.
Năm 1790, Hội dòng có được 52 cơ sở. Cuộc cách mạng Pháp bùng nổ. Nhiều người muốn phá đạo. Họ đuổi các nữ tu ra khỏi nhà dòng và chiếm đoạt tài sản. Các chị phải trở về gia đình hoặc đi trốn tránh. Bề trên Dòng là Mẹ Josseaume bị bắt giam một thời gian. Hội dòng sẽ bị tiêu diệt chăng?
Con số các Nữ tu ở Guyane ít dần vì khí hậu và vì các bệnh truyền nhiễm. Các chị lại bị cô lập, không nhận được một tin tức nào của chị em bên Pháp. Năm 1802, các chị trình bày với nhà cầm quyền. Các vị này cho tìm kiếm các nữ tu đã bị giải tán lúc trước, và yêu cầu Mẹ Josseaume tổ chức lại Hội dòng để tăng cường cho bên Guyane. Thành phố Chartres tặng cho các chị tu viện trước đó là của các cha Đa Minh, tọa lạc tại đường Saint Jacques, để bù lại tòa nhà của các chị đã bị tước đoạt.
Mẹ Josseaume tập hợp các thành viên của Hội dòng lại và gửi các nữ tu đi, theo lời yêu cầu của nước Pháp và các nước khác. Khi Mẹ qua đời vào năm 1834, các nữ tu đã phục vụ tại 63 cơ sở.
Ngôi nhà số 5 đường Saint Jacques tại Chartres là Nhà Mẹ của Hội dòng. Tính đến năm 1962, nơi đây là Trung tâm Quản trị, và là nơi ở của Mẹ Tổng quyền. Bây giờ nhà Tổng quản ở tại Roma. Nhưng dưới bóng của Đại Thánh đường Chính toà thành Chartres, Nhà Mẹ vẫn là trung tâm điểm của lịch sử dòng các Nữ tu Thánh Phaolô thành Chartres, là nơi an nghỉ của các chị đi trước và nơi các tập sinh được chuẩn bị cho công tác tông đồ.
Qua thử thách, Hội dòng không những không bị tiêu diệt, mà còn được tinh luyện như vàng qua lửa. Trong thinh lặng và kiên trì, những mầm sống mới lại âm thầm vươn lên.
